Управление Учреждением осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации, иными нормативными правовыми актами и Уставом МКОУ Сортавальского МО РК СОШ №3 на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.
Единоличным исполнительным органом Учреждения является Директор Учреждения, который осуществляет текущее руководство деятельностью Учреждения.
В Учреждении формируются коллегиальные органы управления, к которым относятся Общее собрание (Конференция) работников Учреждения, Педагогический совет, а также может формироваться управляющий совет, советы обучающихся и родительские советы.